FGCR acordă garanții în favoarea instituțiilor finanțatoare pentru garantarea creditelor / finanțărilor acordate de acestea pentru susținerea activității curente / realizarea de investiții.
In baza OUG 79/2009, Fondul de Garantare a Creditului Rural acorda scrisori de garantie, necesare beneficiarilor publici ai PNDR si celor asimilati acestora, pentru obtinerea avansului prevazut in Contractele de Finantare semnate cu AFIR.